Bước 1: Hàng quý, chậm nhất là ngày 20 của tháng đầu tiên của quý tiếp theo, tổ chức hoặc cá nhân nộp phí kê khai phí theo Mẫu số 01 với Ủy ban nhân dân phường, thị trấn và nộp phí vào tài khoản “Tạm thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt” của Ủy ban nhân dân phường, thị trấn mở tại Kho bạc Nhà nước Thừa Thiên Huế tại Bộ phận Tiếp nhận và trả kết quả cấp xã.
Bước 2: Bộ phận Tiếp nhận và trả kết quả cấp xã kiểm tra hồ sơ, nếu thành phần, số lượng đúng theo quy định thì tiếp nhận, in phiếu tiếp nhận và giao cho người nộp; chuyển hồ sơ cho Ủy ban nhân dân phường, thị trấn thẩm định. Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, hợp lệ, Bộ phận Tiếp nhận và trả kết quả cấp xã thông báo cho tổ chức hoặc cá nhân biết và hoàn thiện hồ sơ.
Bước 3: Trong thời hạn mười (10) ngày làm việc kể từ ngày nhận được tờ kê khai phí, Ủy ban nhân dân phường, thị trấn thực hiện thẩm định tờ khai phí, trường hợp số phí bảo vệ môi trường phải nộp khác với số phí người nộp phí đã kê khai thì ra Thông báo nộp bổ sung theo Mẫu số 02 hoặc điều chỉnh giảm số phí phải nộp vào kỳ nộp phí tiếp theo; trong thời hạn mười (10) ngày kể từ khi có Thông báo tổ chức, cá nhân phải nộp bổ sung số phí phải nộp theo Thông báo của Ủy ban nhân dân phường, thị trấn (nếu có).